Curah hujan yang cukup tinggi di daerah tropis mengakibatkan suburnya berbagai jenis tanaman. Oleh karena itu, daerah tropis dikenal sebagai kawasan hutan belukar yang bukan saja menyimpan berbagai potensi kekayaan alam, melainkan juga berperan sebagai paru-paru dunia. Indonesia memiliki beraneka ragam jenis tumbuhan. Iklim memiliki pengaruh yang sangat besar, terutama curah hujan dan suhu udara. Pengaruh suhu udara terhadap habitat tumbuhan di Indonesia telah dikenal dengan klasifikasi Junghuhn, seorang ahli botani asal Jerman yang membagi jenis tumbuhan berdasarkan ketinggian tempat. Persebaran fauna di Indonesia berkaitan dengan sejarah geologis Kepulauan Indonesia. Menurut Alfred Russel Wallace, terdapat perbedaan sebaran binatang di Indonesia. Klasifikasi persebaran fauna di Indonesia dikenal dengan sebutan kralsifikasi garis wallace.Keberadaan flora dan fauna di suatu tempat tentunya dipengaruhi oleh faktor-faktor yang ada di tempat tersebut. Faktor-faktor yang dimaksud adalah sebagai berikut.
a. Faktor Klimatik
Iklim terdiri atas suhu udara, tekanan udara, kelembapan udara, angin, dan intensitas sinar matahari. Perbedaan temperatur pada suatu wilayah dipengaruhi oleh letak lintang (latitude) selatan dan utara dan ketinggian suatu tempat. Perbedaan tersebut menyebabkan variasi tumbuhan pula. Teori ini dibuktikan oleh seorang ilmuwan biologi lingkungan, sekitar tahun 1889 yang bernama C. Hert Meeriem. Ia meneliti model penyebaran tumbuhan berdasarkan pada variasi ketinggian Gunung San Fransisco dari kaki gunung hingga ke puncak gunung. Model tersebut ternyata sejalan dengan pola penyebaran tumbuhan dari garis tropik ekuator hingga ke arah utara atau pun selatan. Jadi, distribusi jenis flora dari daerah yang paling panas ke daerah yang paling dingin ternyata menyerupai distribusi flora dari pantai hingga ke puncak gunung. Artinya, urutan bioma (ekosistem dunia) dari ekuator (khatulistiwa) ke kutub sama dengan urutan ekosistem dari pantai sampai ke puncak gunung.
Meeriem berkesimpulan bahwa tipe tumbuhan suatu daerah dipengaruhi oleh temperatur, kemudian dapat dibuktikan bahwa faktor kelembapan ternyata lebih berperan dari pada faktor temperatur. Curah hujan yang tinggi dibutuhkan untuk mendukung pertumbuhan tanaman besar. Semakin kita bergerak ke daerah dengan curah hujan yang rendah, tumbuhan akan didominasi oleh tumbuhan kecil (belukar, rumput) dan akhirnyakaktus atau tanaman padang pasir lainnya.
b. Faktor Edafik
Jenis tanah erat kaitannya dengan kesuburan tanah di tempat yang bersangkutan. Jenis tanah di berbagai tempat berbeda-beda, bergantung pada faktor bahan asal tanah, iklim, serta vegetasi. Hal ini menyebabkan tingkat kesuburan di berbagai tempat juga berbeda, sehingga terhadi penyebaran flora dan fauna di seluruh dunia.
c. Faktor Fisiografik
Daratan yang ada di seluruh permukaan bumi mempunyai ketinggian yang berbeda-beda. Daratan bisa berupa daratan rendah, pantai, dataran tinggi, serta pegunungan. Makin tinggi relief daratan suatu tempat, maka suhu udaranya makin dingin. Pada daerah-daerah berelief tinggi yang bersuhu dingin, jenis flora dan fauna yang ada sangat terbatas.
d. Faktor Biologis
Dalam biosfer selalu terjadi hubungan yang saling memengaruhi antara sesama makhluk hidup yang disebut interaksi. Terutama manusia dengan budayanya, merupakan faktor biologis yang paling berpengaruh dalam biosfer. Manusia dengan budayanya mampu memengaruhi lingkungan biosfer di sekitarnya. Misalnya, manusia yang selalu berupaya memperbaiki jenis serta penyebaran flora dan fauna. Namun, tidak semua bentuk interaksi antarfaktor biologis dalam biosfer bersifat memperbaiki (konstruktif), sebab ada pula yang bersifat merusak (destruktif) atau gabungan dari keduanya.
Dari berbagai pengaruh faktor-faktor di atas menjadikan wilayah Indonesia merupakan salah satu wilayah dari tiga negara yang memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi. Dua negara lainnya, yaitu Brazil dan Zaire. Akan tetapi dibandingkan Brazil dan Zaire, Indonesia memiliki keunikan tersendiri. Keunikannya, yaitu di samping memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi,
Indonesia mempunyai areal tipe Indo-Malaya yang luas, jugatipe Oriental, Australia, dan peralihannya. Selain itu, di Indonesia terdapat banyak hewan dan tumbuhan langka, serta hewan dan tumbuhan endemik (penyebaran terbatas). Indonesia terletak di daerah tropik sehingga memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi dibandingkan dengan daerah subtropik (iklim sedang) dan kutub (iklim kutub). Tingginya keanekaragaman hayati di Indonesia ini terlihat dari berbagai macam ekosistem yang ada di Indonesia, seperti ekosistem pantai, ekosistem hutan bakau, ekosistem padang rumput, ekosistem hutan hujan tropis, ekosistem air tawar, ekosistem air laut, dan ekosistem sabana. Masing-masing ekosistem ini memilikikeanekaragaman hayati tersendiri.
Tumbuhan (flora) di Indonesia merupakan bagian dari geografi tumbuhan Indo-Malaya. Flora Indo-Malaya meliputi tumbuhan yang hidup di India, Vietnam, Thailand, Malaysia, Indonesia, dan Filipina. Flora yang tumbuh di Malaysia, Indonesia, dan Filipina sering disebut sebagai kelompok flora Malesiana. Hutan di daerah flora Malesiana memiliki kurang lebih 248.000 spesies tumbuhan tinggi, didominasi oleh pohon dari familia Dipterocarpaceae, yaitu pohon-pohon yang menghasilkan biji bersayap. Dipterocarpaceae merupakan tumbuhan tertinggi dan membentuk kanopi hutan. Tumbuhan yang termasuk famili Dipterocarpaceae misalnya keruing ( Dipterocarpus sp), meranti (Shorea sp), kayu garu (Gonystylus bancanus), dan kayu kapur (Drybalanops aromatica).
Hutan di Indonesia merupakan bioma hutan hujan tropis atau hutan basah, dicirikan dengan kanopi yang rapat dan banyak tumbuhan liana (tumbuhan yang memanjat), seperti rotan. Tumbuhan khas Indonesia seperti durian (Durio zibetinus),Mangga (Mangifera indica), dan Sukun (Artocarpus sp) di Indonesia tersebar di Sumatra, Kalimantan, Jawa dan Sulawesi. Sebagai negara yang memiliki flora Malesiana, apakah di Malaysia dan Filipina juga memiliki jenis tumbuhan seperti yang dimiliki oleh Indonesia.
Kalimantan, dan Jawa terdapat tumbuhan endemik Rafflesia. Tumbuhan ini tumbuh di akar atau batang tumbuhan pemanjat sejenis Indonesia bagian timur, tipe hutannya agak berbeda. Mulai dari Sulawesi sampai Irian Jaya (Papua) terdapat hutan non–Dipterocarpaceae. Hutan ini memiliki pohon-pohon sedang, di antaranya beringin (Ficus sp), dan matoa (Pometia pinnata). Pohon matoa merupakan tumbuhan endemik di Irian.
Hewan-hewan di Indonesia memiliki tipe oriental (Kawasan Barat Indonesia) dan Australia (Kawasan Timur Indonesia) serta peralihan. Hewan-hewan di bagian Barat Indonesia (oriental) yang meliputi Sumatra, Jawa, dan Kalimantan, memiliki ciri-ciri sebagai berikut.
- Banyak spesies mamalia yang berukuran besar, misalnya gajah, banteng, harimau, badak. Mamalia berkantung jumlahnya sedikit, bahkan hampir tidak ada.
- Terdapat berbagai macam kera, misalnya bekantan, tarsius, orang utan.
- Terdapat hewan endemik, seperti badak bercula satu, binturong (Aretictis binturang), monyet (Presbytis thomasi), tarsius (Tarsius bancanus), kukang (Nyeticebus coucang).
- Burung-burung memiliki warna bulu yang kurang menarik, tetapi dapat berkicau. Burung-burung yang endemik, misalnya jalak bali (Leucopsar nothschili), elang jawa, murai mengkilat (Myophoneus melurunus), elang putih (Mycrohyerax latifrons).
Jenis-jenis hewan di Indonesia bagian timur, yaitu Irian, Maluku, Sulawesi, Nusa Tenggara, relatif sama dengan Australia. Hewan-hewan di bagian Timur Indonesia memiliki ciri-ciri sebagai berikut.
1) Mamalia berukuran kecil
2) Banyak hewan berkantung
3) Tidak terdapat species kera
4) Jenis-jenis burung memiliki warna yang beragam
Irian Jaya (Papua) memiliki hewan mamalia berkantung, misalnya kanguru (Dendrolagus ursinus), kuskus (Spiloeus maculatus). Papua juga memiliki kolek si burung terbanyak, dan yang palingterkenal adalah burung Cenderawasih (Paradiseae sp). Di Nusa Tenggara, ter-utama di pulau Komodo, terdapat reptilian terbesar yaitu komodo (Varanus komodoensis).
Sementara itu, daerah peralihan yang meliputi daerah disekitar garis Wallace yang terbentang dari Sulawesi sampai kepulauan Maluku, jenis hewannya antara lain tarsius (Tarsius bancanus), maleo (Macrocephalon maleo), anoa, dan babi rusa (Babyrousa babyrussa).
a) Hewan dan Tumbuhan Langka di Indonesia
Di Indonesia banyak terdapat hewan dan tumbuhan langka. Hewan langka misalnya
babirusa (Babyrousa babyrussa), harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae), harimau jawa (Panthera tigris sondaicus), macan kumbang (Panthera pardus), orangutan (Pongo pygmaeus abelii di Sumatra dan Pongo pygmaeus pygmaeus di Kalimantan), badak sumatra (Decerorhinus sumatrensis), tapir (Tapirus indicus), gajah asia (Ele phas maximus), bekantan (Na salis larvatus), komodo (Vara nus komodoensis), banteng(Bossondaicus), cen drawasih (Paradisaea minor), kanguru pohon (Dendrolagus ursinus), maleo (Macrocephalon maleo), kakatua raja (Probosciger aterrimus), rangkong (Bucerosrhinoceros), kasuari (Casuarius casuarius), buaya muara (Crocodylus porosus), buaya irian (Crocodylus novaeguinae), penyu tempayan (Caretta caretta), penyu hijau (Chelonia mydas), ular sanca bodo (Phyton molurus), sanca hijau (Chondrophyton viridis), bunglon sisir (Gonyochepalus dilophus).
babirusa (Babyrousa babyrussa), harimau sumatra (Panthera tigris sumatrae), harimau jawa (Panthera tigris sondaicus), macan kumbang (Panthera pardus), orangutan (Pongo pygmaeus abelii di Sumatra dan Pongo pygmaeus pygmaeus di Kalimantan), badak sumatra (Decerorhinus sumatrensis), tapir (Tapirus indicus), gajah asia (Ele phas maximus), bekantan (Na salis larvatus), komodo (Vara nus komodoensis), banteng(Bossondaicus), cen drawasih (Paradisaea minor), kanguru pohon (Dendrolagus ursinus), maleo (Macrocephalon maleo), kakatua raja (Probosciger aterrimus), rangkong (Bucerosrhinoceros), kasuari (Casuarius casuarius), buaya muara (Crocodylus porosus), buaya irian (Crocodylus novaeguinae), penyu tempayan (Caretta caretta), penyu hijau (Chelonia mydas), ular sanca bodo (Phyton molurus), sanca hijau (Chondrophyton viridis), bunglon sisir (Gonyochepalus dilophus).
Tumbuh-tumbuhan langka misalnya bedali (Radermachera gigantea), putat (Planchonia valida), kepuh (Sterula foetida), bungur(Lagerstroemia speciosa), nangka celeng (Artocarpus heterophyllus), kluwak (Pangium edule), bendo (Artocarpus elasticus), mundu (Garcinia dulcis), sawo kecik (Manilkara kauki), winong (Tetrameles nudiflora), bayur (Pterospermum javanicum), gandaria (Bouea macrophylla), matoa (Pometia pinnata), sukun berbiji (Artocarpus communis).
b) Hewan dan Tumbuhan Endemik di Indonesia
Di Indonesia banyak terdapat hewan dan tumbuhan endemik, yaitu hewan dan tumbuhan itu hanya ada di Indonesia, tidak terdapat di negara lain. Hewan endemik misalnya harimau jawa (Panthera tigris sondaicus), harimau bali (sudah punah), jalak bali putih (Leucopsar rothschildi) di Bali, badak bercula satu (Rhinoceros sondaicus) di Ujung Kulon, binturong (Artictis binturong), monyet (Presbytis thomasi), tarsius (Tarsius bancanus) di Sulawesi Utara, kukang (Nycticebus coucang), maleo (hanya di Sulawesi), komodo (Varanus
komodoensis) di Pulau Komodo dan sekitarnya. Tumbuhan yang endemik terutama dari genus Rafflesia misalnya Rafflesia arnoldi (endemik di Sumatra Barat, Bengkulu, dan Aceh), R. borneensis (Kalimantan), R. cilliata (Kalimantan Timur), R. horsfilldii (Jawa), R.patma (Nusa Kambangan dan Pangandaran), R. rochussenii (Jawa Barat), dan R. contleyi (Sumatra bagian timur).